Το Ίδρυμα, σε εκπλήρωση των όρων της Διαθήκης του Αριστοτέλη Ωνάση για την ενίσχυση εκπαιδευτικών δράσεων, ξεκίνησε από το 1978 την χορήγηση υποτροφιών για μεταπτυχιακές σπουδές με την διαδοχική θεσμοθέτηση προγραμμάτων.

Σήμερα λειτουργούν Προγράμματα Υποτροφιών προς Έλληνες για μεταπτυχιακές σπουδές στο Εξωτερικό και στην Ελλάδα και Πρόγραμμα Υποτροφιών προς Αλλοδαπούς. Τα προγράμματα αυτά προκηρύσσονται κάθε χρόνο.